En ce temps-là les navires qui arrivent de ports suspects sont soumis à une quarantaine plus ou moins rigoureuse selon la « patente », certificat sanitaire visé par les différents ports où ils ont fait escale :
- Si la patente est nette (aucune maladie déclarée) : les passagers séjournent au lazaret une semaine. Les marchandises restent 26 jours « en purge » et le navire est surveillé durant 20 jours après son dernier déchargement.
- Si la patente est soupçonnée (maladie suspecte) : les passagers restent 15 jours sous surveillance, les marchandises et le bâtiment font respectivement 40 et 30 jours de quarantaine.
- Si la patente est brute (peste déclarée) : les marchandises font 50 jours de quarantaine et le navire 40 jours. Si un passager ou un membre de l’équipage tombe malade, la quarantaine est à recommencer. Elle peut durer jusqu’à 6 mois.
De la fin du XVIe au XVIIe se construisent les lazarets, établissements chargés de la protection sanitaire. Le grand lazaret de Marseille, les Infirmeries, est terminé en 1668.